Parmi ses nombreuses missions, le Conseil de l'Ordre participe à diffuser les principes fondamentaux de la déontologie médicale. Il a la responsabilité administrative de tenir à jour le tableau de l'Ordre, au service de tous les médecins et de leur famille il assure l’entraide ordinale, et il accompagne les médecins dans leur vie professionnelle. Il est destinataire des doléances et des plaintes concernant les médecins, quelle que soit leur modalité d'exercice (libéral ou salarié) et organise la conciliation. Enfin, il représente la profession et la communauté médicale auprès des acteurs de la société civile.